Πρόκειται για ένα σύγχρονο κτίριο εναρμονισμένο πλήρως με το φυσικό περιβάλλον.

Η ιδέα για την δημιουργία του Μουσείου ξεκίνησε από την παρουσία στην περιοχή πλούσιων βιοτόπων και προστατευόμενων περιοχών. Η ανάγκή της παρουσίασης του φυσικού αυτού πλούτου στους ντόπιους και στους επισκέπτες οδήγησε στην ένταξη του έργου "κατασκευή Μουσείου Φυσικής Ιστορίας" στο Αστικό Πιλοτικό Πρόγραμμα Αλεξανδρούπολης, ως μία από τις βασικές του πτυχές και στην κατασκευή του μουσείου με τη σημερινή του μορφή.

Κριτήριο της επιλογής της συγκεκριμένης τοποθεσίας για την κατασκευή του Μουσείου αποτέλεσε η ανάγκη της ανάπτυξης και ανάδειξης της ανατολικής περιοχής της Αλεξανδρούπολης, αυτός άλλωστε ήταν και ένας από τους βασικούς στόχους του Πιλοτικού Προγράμματος.